Von den zur Zeit 1947 registrierten einheimischen (alteinheimischen oder eingebürgerten) wildwachsenden Farn- und Blütenpflanzen Niederbayerns sind mindestens 333 Neophyten, das heißt, mehr als jede sechste Sippe zählt zu ihnen. 93 Neophyten (4,8 %) haben größere Verbreitung erreicht, der Großteil ist dagegen nur lokal verbreitet.

Innerhalb der Neophyten drängt sich eine Zweiteilung auf:

Frühneophyten - Einbürgerung vor 1800 (vergleichsweise wenige Arten, z. B. Kanadisches Berufkraut Conyza canadensis, Flieder Syringa vulgaris)
Jungneophyten - Einbürgerung seit 1800: Die weitaus größte Gruppe, da durch die neuen Verkehrsmittel und -wege, die Globalisierung des Handels und die umfangreichen Gartenbau-Aktivitäten der Artentransfer erheblich beschleunigt wurde.

Die meisten Neophyten bereichern unsere Flora auf ganz unproblematische Weise. Viele waren früher Zierpflanzen oder sind es auch heute noch. Sie setzen oft bunte Akzente in sonst oft recht tristen Gefilden. Ihr Haupt-Lebensraum sind sogenannte Ruderalflächen, wie sie Teile der Bahnanlagen, Deponien aller Art, Straßenränder oder Abbaustellen bieten. Regulär land- oder forstwirtschaftlich genutzte Flächen bieten nur wenigen Neophyten Lebensraum. Mit vielen der Neophyten sind wir von Klein auf vertraut. Wir nehmen sie nicht mehr als Fremdlinge war; sie haben eine Tradition als feste Florenbestandteile ausgebildet. Beispiele sind der Faden-Ehrenpreis (Veronica filiformis in Zierrasen, das Franzosenkraut (Galinsoga) in Hackfruchtäckern und Beeten und die Zarte Binse (Juncus tenuis an feuchten Wegrändern.
Eine breite, ständig wachsende und sich wandelnde Palette von Zier- und Nutzpflanzen tritt vielerorts in der ersten Generation auch als Wildpflanzen auf, doch gelingt keine erfolgreich Fortpflanzung über mehrere Generationen (siehe Kapitel "Unbeständige". Etliche Neophyten konnten sich zwar für einige Generationen etablieren, sind mittlerweile aber auch wieder verschwunden. Bei anderen Neubürgern beobachten wir aktuell eine starke Ausbreitung, so erst seit wenigen Jahren beim Klebrigen Alant (Dittrichia graveolens), dem Frühlings-Greiskraut (Senecio vernalis), dem Schmalblättrigen Greiskraut (Senecio inaequidens; Bild!), dem Mäuseschwingel (Vulpia myuros) und der Gabelästigen Hirse (Panicum dichotomiflorum).
Eine kleine Zahl von Neophyten hat allerdings die ganze Gruppe in Verruf gebracht. Es sind dies sehr konkurrenzstarke, dicht- oder hochwüchsige und in jedem Fall Herden bildende Pflanzen, die sich besonders auf Brachland oder erst im Herbst gepflegten Flächen ungehemmt ausbreiten, die vorhandene Pflanzendecke verdrängen und so Monotonie statt Vielfalt erzeugen. Mehr hierzu unter "unduldsame Neophyten"